如果在二手摩托车买卖协议中明确约定了违章车辆的处理方式，双方应按照协议约定处理。至于二手摩托车买卖协议是否具备法律效力，需要根据具体的法律法规进行判断。一般情况下，经过双方签字和双方真实意思表示的协议，具备一定的法律效力。但如果协议内容违反了法律法规的规定，例如违反了消费者权益保护法，可能会被法院认定为无效。因此，在签订买卖协议时，建议双方了解相关法律法规并遵守。
如果在二手摩托车买卖协议中明确约定了违章车辆的处理方式，双方应按照协议约定处理。如果协议中没有约定违章车辆的处理方式，可以通过以下几种方式解决：
1. 协商处理：双方可以协商解决违章问题，如由卖方负责处理违章并承担相应费用。
2. 退货退款：如果违章问题严重，买方可以要求退货退款。
3. 合法权益保护：若双方无法就违章问题达成一致，可以通过向相关部门（如交警部门）投诉举报，维护自己的合法权益。
至于二手摩托车买卖协议是否具备法律效力，需要根据具体的法律法规进行判断。一般情况下，经过双方签字和双方真实意思表示的协议，具备一定的法律效力。但如果协议内容违反了法律法规的规定，例如违反了消费者权益保护法，可能会被法院认定为无效。因此，在签订买卖协议时，建议双方了解相关法律法规并遵守。