根据不同情况缴纳相应的补领费用。办理完以上手续后，按照规定的时间到南京交通管理局交管服务大厅领取补领的机动车驾驶证。需要注意的是，具体的申请手续可能会有所变动，请前往南京交通管理局官方网站或咨询相关部门，了解最新的办理流程和所需材料。
根据南京交警的规定，补领机动车驾驶证的申请手续包括以下步骤：
1. 持居民身份证原件、驾驶证丢失声明书（需填写个人基本信息、驾驶证丢失经过等内容）前往当地派出所或交通管理部门，办理机动车驾驶证丢失声明手续。
2. 凭丢失声明书、身份证原件、近期免冠彩色照片2张、医学证明（注意：南京市规定年龄在70岁以上的申请人需提供医学证明）到南京交通管理局交管服务大厅领取《机动车驾驶证申请书》并填写完整。
3. 携带相关材料（填写完整的申请书、丢失声明书、身份证原件、近期免冠彩色照片2张、医学证明等）到南京交通管理局交管服务大厅进行资料审核和现场照相。
4. 缴费。根据不同情况缴纳相应的补领费用。
5. 领取驾驶证。办理完以上手续后，按照规定的时间到南京交通管理局交管服务大厅领取补领的机动车驾驶证。
需要注意的是，具体的申请手续可能会有所变动，请前往南京交通管理局官方网站或咨询相关部门，了解最新的办理流程和所需材料。